La historia de Assassin's Creed Rogue Remastered tiene lugar en la mitad del siglo XVIII, después de los acontecimientos de Assassin's Creed IV y prácticamente en paralelo a los de Assassin's Creed III. Shay Patrick Cormac es un asesino hábil, pero algo rebelde, que cuestiona los métodos de sus maestros. Cuando es enviado a Lisboa para recuperar una reliquia precursora, todo se viene abajo y acusa a su superior de haber ocasionado una masacre innecesaria. Furioso y confundido, Shay acaba "pasándose al lado oscuro" y abandona la causa de los asesinos. En su viaje, a partir de entonces, comenzará a plantearse si hay realmente un bando bueno y cuál debería ser su verdadero "credo".